国外パートナーシップ持分の現物出資は適格となるか
東京地裁令和2年3月11日判決
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国外で設立したパートナーシップの持分を国外の子会社に現物出資した場合、「国内にある事業所に属する資産」を外国法人に現物出資した場合に該当し、適格現物出資から除外されるか否かが争われた事案で、東京地裁はパートナーシップ持分はその主要資産の経常的な管理が国外の事業所で行われていたため、「国内にある事業所に属する資産」には該当せず、適格現物出資と認められると判断、課税処分を取り消した。
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医薬品の製造・販売業を営むＸ社は、平成13年に英国製薬会社Ｇ社の米国完全子会社Ｇ１社との間で、医薬品用化合物の共同開発等を行うジョイントベンチャー契約を締結。同年、このＪＶ契約に基づき、米国完全子会社のＳ社とともに、ケイマンにおいて特例有限責任パートナーシップとしてＣＩＬＰを設立。ＣＩＬＰは同年、米国デラウェア州法上のＬＬＣであるＵＳＯｐＣｏを設立した。
平成24年、Ｘ社はＪＶ枠組みの変更に伴い、ＣＩＬＰのパートナーシップを英国完全子会社に現物出資により移転。Ｘ社はこの現物出資が適格現物出資に該当するものとして平成25年3月期の確定申告を行ったところ、東税務署長は「この現物出資は『国内にある事業所に属する資産』を外国法人に移転するものであり、法人税法2条12号の14及び法人税法施行令4条の3第9項（現10項）の規定により適格現物出資とは認められない」として否認した。Ｘ社はこれを不服として、裁判に及んだ。

法人税法は、「外国法人に国内にある資産又は負債の移転を行うもの」を適格現物出資から除外しているが、これは国内にある含み益のある資産を外国法人に移転することでその含み益に対する課税が行われなくなることを規制し、我が国の課税権を確保しようとする趣旨で規定されたものである。

裁判で課税庁は、本件ＣＩＬＰ持分は、国内にあるＸ社の本社経理財務部が管理する有価証券台帳に投資有価証券として記帳されていることなどからすれば、本件ＣＩＬＰ持分は「国内にある事業所に属する資産」に該当すると推認されると指摘。
また、本件ＪＶにおける新薬の開発活動においては、治験原薬の開発がＸ社の責任において行われていたことなどから、国内にある事業所もその治験プロセスに密接に関与していたということができる上、ＣＩＬＰの事業用財産の少なくとも一部は国内でその価値が創出ないし増大されたというべきであり、「国内にある事業所に属する資産」に該当するから、適格現物出資には該当しないと主張した。

これについて東京地裁は、本件ＣＩＬＰ持分を1個の資産とみた場合、その経常的な管理が行われていた事業所は、ＣＩＬＰの事業用財産、中でもその主要なものの経常的な管理が行われていた事業所とみるのが相当とした。
その上で、ＣＩＬＰの事業用資産は現金、知的財産のライセンス、治験データ等の無形資産、ＵＳＯｐＣｏへの出資等で構成されていると指摘。これらの財産のうち、現金はＣＩＬＰ及びＵＳＯｐＣｏの米国内預金口座に入金され、また、ＣＩＬＰの事業に係る記帳、会計処理、税務申告等の経理業務はＧ社関連会社のフィラデルフィア事務所において行われて、知的財産のライセンスもＣＩＬＰ及びＵＳＯｐＣｏの連結財務諸表に記録されていたことなどから、ＣＩＬＰの事業用財産のうち主要なものの経常的な管理は米国その他我が国以外の地域に有する事業所において行われていたということができるから、本件ＣＩＬＰ持分は「国内にある事業所に属する資産」には該当せず、適格合併に該当するものと認められると判断した。